乳児ボツリヌス症の90％の症例で便秘がみられ、次に脳神経から始まって末梢神経および呼吸筋へと進行する神経筋麻痺が起こる。

脳神経の障害としては、典型的には眼瞼下垂・外眼筋麻痺・啼泣減弱・吸啜不良・咽頭反射低下・口腔内分泌物の貯留・筋緊張低下・無表情などがある。

重症度は、軽度の嗜眠と緩慢な哺乳から、重度の筋緊張低下および呼吸機能不全まで様々である。

食餌性ボツリヌス症とは異なり、乳児ボツリヌス症の原因は既存の毒素を摂取することではない。

ほとんどの症例は特発性であるが、追跡調査により一部の症例で蜂蜜の摂取が原因であったことが特定されており、生後12カ月未満の乳児には蜂蜜を与えてはならない。